Akerselvas øverste del har en sammensatt fauna av bunndyr, med mange arter av steinfluer, vårfluer og døgnfluer. Denne strekningen må jevnt over karakteriseres som lite forurenset selv om det fortsatt er et uheldig utslipp nedenfor Engebråten.
I Nydalen er faunaen fortsatt sammensatt, men dominans av enkelte tolerante arter gjør at området må betegnes som svakt forurenset. På målestasjonen nær Badebakken er faunaen noe mer forenklet, med blant annet lite steinfluer. Også her er det tale om bare svak forurensning.
Lenger nede langs vassdraget er det en klar utarming av bunndyr-faunaen – steinfluer er stort sett borte og fjærmygg og fåbørstemark er dominerende. Likevel viser tilstedeværelse av andre grupper at forurensningsgraden ikke er sterkere enn moderat.
Grovt sett kan Akerselva per 2001 (siste måling av fauna) deles i tre; en øvre, lite forurenset, et lengre parti med svak til moderat forurensning, mens den nederste delen er noe mer preget av forurensning. Denne siste er likevel ikke mer forurenset enn at laks og sjøørret går opp til Nedre Foss og gyter.
Siden tidligere målinger har det skjedd en klar forbedring selv om den sterkt reduserte vannføringen i 1996 førte til en midlertidig forverring. Det er all grunn til å tro at forurensningen i 2008 er en del bedre enn ved siste måling av bunndyrfauna i 2001.
Bunndyr som er typisk for liten grad av forurensning er tre ulike slag av steinfluer;
- Brachyptera risi
- Leuctra fusca
- Isoperla grammatica
Bunndyr som er typisk for svak til moderat grad av forurensning;
- steinflue (Nemoura cinerea)
- steinflue (Amphinemura sp)
- døgnflue (Baëtis muticus)
- døgnflue (Heptagenia sulphurea)
- husbyggende vårfluer (Limnephilidae)
Ørret, laks og ørekyt er de tre faste fiskearter som reproduseres i Akerselva. Kreps finnes i elvas øvre deler, ned til Treschows bro. Det er for tiden så lite kreps at det er forbud mot fangst.
Ved de fleste undersøkelser av vannforurensning legges det vekt på fysisk-kjemiske forhold og innhold av koliforme bakterier. En slik måling angir imidlertid bare vannets tilstand på det tidspunkt prøven blir tatt. Faunaen som er avhengig av vassdraget som levested gir bedre informasjon om tilstanden over et lengre tidsrom.